Perguruan "Al Iman"
didirikan oleh Ustadz Yunus Muhammad Alwan, pada bulan November 1942 di dusun
Beteng Kelurahan Muntilan, Kecamatan Muntilan Kabupaten Magelang. Lokasi ini
berada sekitar 30 km dari sebelah utara Kota Yogyakarta, 12 km sebelah selatan
kota Magelang. Ustadz Yunus Muhammad Alwan adalah alumni Madrasah Alawiyah
Arabiyah di Singapura. Selepas belajar di Singapura, Ustadz Yunus Muhammad
Alwan melanjutkan pendidikannya di Pondok Pesantren (PP) Termas Jawa Timur, dan
Madrasah Al Iman, Kotamadya Magelang, sebagai pendiri, beliau telah meletakkan
dasar pendidikan dengan sistem salafiyah/tradisional. Dua tahun kemudian, PP
ini dilengkapi dengan sistem klasikal, yang telah berjalan selama 24 tahun.
Tepat pada tahun 1963
kurikulum Pesantren Islam Al Iman Muntilan
disempurnakan, dengan menganut kurikulum terpadu sebagai
penjabaran dari ketentuan Surat Keputusan Bersama tiga Menteri : Menteri Agama,
Menteri P & K dan Menteri Dalam Negeri. Dengan mengikuti kurikulum
tersebut, tamatan dari madrasah di lingkungan PP ini dapat meneruskan ke
jenjang sekolah umum yang lebih tinggi.
Pada tanggal 26 November 1986
Ustadz Yunus Muhammad Alwan wafat, kepemimpinan Pesantren Islam Al Iman diteruskan oleh putra beliau, Ustadz KH.
Muhammad Hadi Y. MA.
Untuk menampung santri yang
terus bertambah dan karena alasan
menghindari "keresahan" antar sesama organisasi keagamaan, lokasi pesantren
dipindah dari Dusun Beteng Kelurahan Muntilan ke Dusun Patosan Desa
Sedayu Kecamatan Muntilan, yang berjarak + 500 meter dari lokasi lama.
Pada masa kepemimpinan KH. Muhammad Hadi Y. MA, guna mendukung penyelenggaraan
pendidikan di pesantren ini
dibentuk Yayasan Pesantren Islam Al Iman, di depan Notaris No : 027/27 April
1988 dan pengesahan sebagai organisasi kemasyarakatan di bidang sosial dengan
nomer : 429/ORSOS/VI.99.
KH. Muhammad Hadi Y. MA wafat
tanggal 25 April 2001, dan Kepemimpinan Yayasan dipegang oleh KH. Juhdan Fathoni, sedang kepemimpinan sehari-hari (mudir
ma’had) dipegang oleh Kyai Muhammad Zuhaery, MA putra KH. Muhammad Hadi Y.
MA (alm). sedangkan Kepala MTs dipegang oleh Ustadz Amin Ridho, S.Ag